Το Βυζαντινό Μουσείο Βέροιας στεγάζεται σε ένα βιομηχανικό κτίριο των αρχών του 20ου αιώνα, τον υδροκίνητο αλευρόμυλο του Στέργιου Μάρκου. Από το 2002, χρονιά που εγκαινιάστηκε η πρώτη ενότητς της μόνιμης έκθεσή του, προβάλλει συστηματικά μέσα από το μόνιμο μουσειολογικό πρόγραμμα αλλά και τις περιοδικές του εκθέσεις το πλούσιο πολιτιστικό απόθεμα της Βέροιας των βυζαντινών, μεταβυζαντινών και οθωμανικών χρόνων.
Στον νερόμυλο του Μάρκου ξετυλίγεται η ιστορία, η ζωή και η τέχνη της Βέροιας από την εποχή του Μ. Κωνσταντίνου μέχρι και την απελευθέρωση της πόλης από τους Οθωμανούς το 1912, με το κτίριο του μουσείου ν' αποτελεί το τελευταίο χρονολογικά έκθεμα αυτής της μακραίωνης διαδρομής.
Βασικοί σταθμοί της ιστορίας του είναι η περίοδος κατά την οποία κτίζεται μεταξύ των ετών 1908-1911, τα χρόνια της λειτουργίας του μύλου από το 1911 μέχρι τη δεκαετία του 1960, η εποχή της εγκατάλειψης από το '60 μέχρι τον Αύγουστο του 1981, οπότε και καταστράφηκε ολοσχερώς από πυρκαγιά, η φάση της αποκατάστασης – επανάχρησης στα μέσα της δεκαετίας του '90, η βράβευση από την Europa Nostra για την υποδειγματική αποκατάσταση του και η απόδοση του ως μουσείο το 2002.
Στους τρεις ορόφους του μουσείου συνολικού εμβαδού 720 τ.μ. παρουσιάζονται αντίστοιχα οι τρεις εννοιολογικά αυτοτελείς ενότητες της μόνιμης έκθεσης με τίτλους: α) Βέροια, μία περιφέρεια της Βυζαντινής αυτοκρατορίας, β) Ο δημόσιος και ιδιωτικός βίος της Βέροιας και γ) Λατρεία.
Το υλικό της μόνιμης έκθεσης περιλαμβάνει μέρος της πλούσιας συλλογής εικόνων του μουσείου, τοιχογραφίες από ναούς και κοσμικά κτίρια, ψηφιδωτά δάπεδα, χειρόγραφα και παλαίτυπα, έργα αγγειοπλαστικής και μικροτεχνίας, νομίσματα και ξυλόγλυπτα, ταφικά ευρήματα, αρχιτεκτονικά γλυπτά και μαρμάρινες επιγραφές.