Το Αρχαιολογικό Μουσείο Βέροιας χτίστηκε στα τέλη της δεκαετίας του ’50, στο ΒΑ τμήμα του αστικού ιστού της Βέροιας, με στόχο να εκθέσει και να φυλάσσει αρχαιότητες από όλον τον νομό Ημαθίας. Επίσης, υπήρξε η διοικητική έδρα της τότε Εφορείας Αρχαιοτήτων Δυτικής Μακεδονίας έως το 1974.
Η πρώτη έκθεση του ΑΜΒ περιελάμβανε σε έναν ισόγειο χώρο κυρίως γλυπτά και επιγραφικά κείμενα από την Βέροια, όπως επίσης και εκθέματα από τις μέχρι τότε ανασκαφές στους λαξευτούς θαλαμωτούς τάφους της Βέροιας και αντικείμενα από την ανασκαφή της Αγγλικής Αρχαιολογικής Σχολής στην Νέα Νικομήδεια. Μία αίθουσα του μουσείου ήταν αφιερωμένη στις βυζαντινές αρχαιότητες της Βέροιας, κυρίως εικόνες, μέχρι την μεταφορά του στο σημερινό Βυζαντινό Μουσείο Βέροιας.
Το 2008, στο πλαίσιο του Γ’ Κοινοτικού Προγράμματος Στήριξης, παλιά και νέα ευρήματα από τις ανασκαφές της Βέροιας και αρχαιολογικών θέσεων του Νομού Ημαθίας, πλην των Αιγών, ολοκληρώθηκε η επανέκθεση του κτηρίου του μουσείου.
Η νέα έκθεση αποτελείται από τρεις αίθουσες: στην πρώτη εκτίθενται ταφικά ευρήματα από τον 6ο έως τον 1ο αι. π.Χ. από την αρχαία πόλη της Βέροιας. Η δεύτερη αίθουσα είναι αφιερωμένη στον δημόσιο βίο της αρχαίας πόλης και περιλαμβάνει επιγραφές και γλυπτές από τα ιερά της Βέροιας, όπως επίσης και δημόσιες πράξεις, όπως ο περίφημος Γυμνασιαρχικός Νόμος, επιγραφές απελευθερώσεων δούλων από τα ελληνιστικά έως τα ρωμαϊκά χρόνια και ρωμαϊκές εικονιστικές κεφαλές. Η τρίτη αίθουσα περιλαμβάνει κυρίως επιτύμβια ανάγλυφα των ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων, όπως και γυάλινα αντικείμενα, πήλινα ειδώλια και αγγεία από τα νεκροταφεία της αρχαίας πόλης. Στο πατάρι του μουσείου εκτίθενται αρχαιότητες από διάφορες θέσεις του Ν. Ημαθίας (Ν. Νικομήδεια, Τούμπες Αγγελοχωρίου και Πολυπλατάνου, Λευκόπετρα, Μίεζα, Κυψέλη).
Το 2021 εγκαινιάστηκε στον αύλειο χώρο του μουσείου η έκθεση ‘’Τοίχος της Μνήμης’’ που περιλαμβάνει επιτύμβιες στήλες και τιμητικούς βωμούς του Κοινού των Μακεδόνων, στο πλαίσιο της υλοποίησης της εγκεκριμένης μελέτης για την αισθητική ομογενοποίηση και λειτουργική αναβάθμιση και ανάδειξη της ιδιοσυστασίας του μουσείου με τη δημιουργία υπαίθριας έκθεσης ψηφιδωτών και ημιυπαίθριας έκθεσης γλυπτών.
